Nucleul suprachiasmatic este mai mare la barbatii homosexuali decât la cei heterosexuali

Pe lângă nucleul INAH 3 am mai fost descoperit un nucleu in hipotalamus a cărui mărime si forma este legata de orientarea sexuala cel puțin la bărbat: nucleul suprachiasmatic(SCN), structura situata deasupra chiasmei optice care controlează si bioritmul, fiind ceasul intern al creierului. La bărbații homosexuali acest nucleu este mai mare decât la cei heterosexuali, aproape dublu ca mărime. Experimentele pe șobolani au dovedit ca acest nucleu hipotalamic este si el dimorfic sexual, hormonii androgeni(care la șobolan si la alte nonprimate acționează prin receptorul estrogenic in urma procesului de aromatizare) ducând la reducerea volumului acestuia prin procesul de apoptoza(moarte celulara). Șobolanii tratați cu inhibitori ai aromatazei prezentau un comportament bisexual la maturitate pentru ca acest nucleu nu mai era defeminizat de androgenii convertiți in estrogeni ramanand mare si alungit, ca la femele. Nu se știe care este legătura dintre forma si mărimea acestui nucleu si orientarea sexuala la om. Unii cercetătorii susțin ca spre deosebire de INAH 3 nucleul SCN nu este implicat direct in comportamentul sexual. Din experimentele pe șobolani ar reieși ca la nivelul acestui nucleu se formează comportamentul sexual feminin, cu atracția sexuala fata de masculi. Alta zona din hipotalamus de unde se bănuiește ca ar porni comportamentul sexual feminin(pana acum nu e nimic sigur in ceea ce privește sediul cerebral al comportamentului sexual feminin, cercetările pe femele fiind foarte puține) este nucleul ventromedial, nucleu responsabil cu comportamentul de lordoza(comportament sexual feminin care consta in ridicarea partii posterioare a corpului pentru facilitarea montei) la șobolan. O alta zona de pe creier care e mai mare la barbatii homosexuali decât la cei heterosexuali este comisura anterioara a hipotalamusului

Pana acum nu s-a făcut nici-un studiu referitor la dimensiunea si forma nucleului SCN si orientarea sexuala la femeie așa cum nu s-au făcut nici referitor la alte zone de pe creier, existând doar un studiu care a inclus si niște transsexuali FtM care aveau nucleul INAH 3 mai mare( ca la barbatii heterosexuali) si un studiu care a dovedit ca lesbienele au emisfera dreapta mai mare decât cea stânga(ca la barbatii heterosexuali) in timp ce barbatii homosexuali au emisferele aproape egale sau stânga puțin mai mare(ca si femeile heterosexuale).